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Die Hauptabteilung Mehrwertsteuer (HA MWST) wird in die drei Abteilungen Erhebung, Externe Prüfung und Recht sowie in die Sektion Analyse, Projekte, Risikoerkennung (APR) gegliedert. Primäre Ansprechpartnerin für die steuerpflichtige Person ist die Abteilung Erhebung. Deren Mitarbeiter stehen in telefonischem und schriftlichem Kontakt mit der steuerpflichtigen Person. Neben dem Erteilen von Auskünften und dem Einholen von ergänzenden Informationen zu den eingereichten Abrechnungen nimmt die Abteilung Erhebung auch punktuelle Kontrollen dieser Abrechnungen vor. Einzelne Mitarbeiter führen zudem interne Partnerprüfungen durch. Dabei verlangt die Abteilung Erhebung bei der steuerpflichtigen Person die Jahresrechnung, das Hauptbuch und eine Auswahl von Belegen über einen Zeitraum von mindestens drei Steuerperioden ein. Analog einer Kontrolle vor Ort endet diese Partnerprüfung mit der Festsetzung der Steuerlast mittels einer Einschätzungsmitteilung. Sollte die Abteilung während ihres Tagesgeschäfts Feststellungen machen, welche nicht vom Büro aus kontrolliert und bereinigt werden können, kann die zuständige Mitarbeiterin oder der zuständige Mitarbeiter eine Revision vor Ort durch die Abteilung Externe Prüfung verlangen.

Die Externe Prüfung beschäftigt rund 190 Prozessbearbeiter³, welche in 20 Revisionsteams und in den zentralen Dienst eingeteilt sind. Jedem Revisionsteam ist eine Region zugewiesen. Die Steuerpflichtigen werden aufgrund ihres handelsrechtlichen Sitzes der jeweiligen Region und damit dem Revisionsteam zugewiesen.⁴ Als MWST-Revisor kommen Personen mit mehrjähriger Berufserfahrung im Rechnungswesen und entsprechender Ausbildung infrage, welche bilanzsicher und bereit sind, die Eigenheiten des Aussendiensts zu tragen. Dazu gehört neben einer gewissen Reisebereitschaft auch die Flexibilität, sich immer wieder auf neue Ansprechpersonen und eine neue Arbeitsumgebung einzulassen.